KLASZTOR W WINNICY, który w późniejszych latach stał się jednym z ważniejszych klasztorów kapucyńskich na Ukrainie, powstał w 1744 roku jako piąta fundacja kapucyńska na Ukrainie (po Lwowie, Olesku, Mariampolu i Zbrzyżu).
Fundował go starosta winnicki, Ludwik Kalinowski, który aktem z 23 VII 1744 złożył kapucynom ofertę założenia nowej placówki. Biskup łucki Franciszek Kobielski zezwolił na założenie klasztoru 17 V 1745, a już 14 IX 1745 poświęcono i położono kamień węgielny. 18 II 1761 biskup łucki Antoni Erazm Wołłowicz konsekrował świątynię klasztorną pod wezwaniem Matki Bożej Anielskiej.
Na terenach zajętych przez Rosję wskutek pierwszego rozbioru Polski w 1772 roku nie było klasztorów kapucyńskich. Znalazły się one dopiero na terenach zajętych w drugim (1793 rok) i trzecim rozbiorze (1795 rok). W drugim rozbiorze w granicach Rosji znalazły się klasztory w Brusiłowie, Chodorkowie, Dunajowcach, Kunie, Ostrogu, Starym Konstantynowie, Winnicy i Zbrzyziu. Klasztor w Winnicy był siedzibą ówczesnego prowincjała Prowincji Polskiej, ojca Prokopa Manugiewicza.
Druga fala kasat nastąpiła po upadku powstania styczniowego. W 1865 roku został skasowany klasztor w Brusiłowie, a kościół pozostał jako parafialny. Klasztory w Chodorkowie, Starym Konstantynowie i Winnicy istniały nadal przede wszystkim dlatego, że gdzieś trzeba było pomieścić zakonników.
Po I wojnie światowej na terenie Rosji znajdowały się następujące klasztory kapucynów: w Brusiłowie, Chodorkowie, Kunie, Starym Konstantynowie i Winnicy.
Po powstaniu Rosji sowieckiej zrazu czynny był kościół pokapucyński w Winnicy. Władze komunistyczne zamknęły go w 1936 roku, w czasie wyjątkowego nasilenia walki z religią. W lipcu 1941 roku, w czasie okupacji niemieckiej świątynia została ponownie otwarta i zaczęła służyć celom religijno-duszpasterskim. W mieście musiała być wśród wiernych żywa pamięć o dawnych zakonnikach, skoro ich następców, księży diecezjalnych (na przykład księdza Marcelego Wysokińskiego, pracującego w Winnicy w latach 1948-1959), potocznie uważano za kapucynów. Jednak we wrześniu 1960 roku władze sowieckie ponownie zamknęły świątynię, choć dłuższy czas nie mogły zdecydować się, na co ją przeznaczyć. Ostatecznie pomieszczono w niej ateistyczne Towarzystwo „Wiedza”, a w piwnicach urządzono schrony przeciwatomowe.
Rozpad Związku Radzieckiego i powstanie niepodległej Ukrainy pozwoliły na powrót kapucynów oraz odrodzenie ich życia zakonnego. Nastąpiło to w 1988 roku. Zadania przeszczepienia kapucynów na Ukrainę podjęła się Prowincja Krakowska. Pierwszym kapucynem, który podjął wówczas pracę na Ukrainie, był ojciec Stanisław Padewski (ur. 1932). W następnych latach dojechali kolejni zakonnicy.
Odrodzenie zakonu na Ukrainie było połączone z trudem odzyskania dawnych klasztorów lub organizowania nowych placówek. W marcu 1989 roku, jeszcze za czasów istnienia Związku Radzieckiego, rozpoczęły się starania wiernych o odzyskanie kościoła w Winnicy. Po trwających trzy miesiące protestach władze sowieckie oddały świątynię wspólnocie katolickiej 7 lipca 1989 roku. Odzyskany kościół poświęcił bp Jerzy Dąbrowski z Warszawy. W październiku 1992 roku kapucyni wrócili do Winnicy, ale zamieszkali nad kościołem, budynek klasztorny bowiem nadal pozostawał zajęty przez lokatorów świeckich.
Dopiero w latach 2001-2002, dzięki finansowej pomocy parafian i zakonu wykupiono (!) część dawnych pomieszczeń klasztornych, co pozwoliło przystosować je do potrzeb duszpasterskich i zakonnych.
W 2003 roku dzięki wsparciu administracji wojewódzkiej odremontowana została fasada klasztoru, a 29 VI 2004 bp Leon Dubrawski poświęcił nowy witraż w oknie fasadowym kościoła, zatytułowany „Jeden Bóg” (kompozycja niefiguralna), a zaprojektowany, wykonany i ofiarowany przez benedyktyna, ojca Piotra Cholewkę. W 2006 roku rozpoczęło się odtwarzanie dębowej nastawy ołtarzowej (projekt, na podstawie dawnych fotografii, wykonał Wrzesław Żurawski z Łańcuta) i zakończyło w 2009 r.
