W historii Niemirowa był okres, że dzięki swojemu strategicznemu usytuowaniu pełnił on funkcję hetmańskiej stolicy Prawobrzeża. To miasto odgrywało ważną rolę w wojnach pomiędzy Polską, Turcją, Moskowią i ukraińskimi kozakami o prawo rządzenia na Prawobrzeżnej Ukrainie w II połowie XVII wieku. Forteca w Niemirowie była ważnym obiektem dla Podola i każda z walczących stron próbowała ją utrzymać, nie przetrwała do dziś.
W 1676 roku Turcja zdobyła większość prawobrzeżnych ziem Ukrainy. Sułtan Mehmed IV zdecydował się wyznaczyć Jerzego Chmielnickiego na swojego namiestnika na Kijowszczyźnie i Wschodnim Podolu. Nowy władca otrzymał tytuł „Książę Sarmacki i hetman Wojska Zaporoskiego”. W 1678 roku wyznaczony przez Chmielnickiego hetman Astamatij zdobył Niemirów w walce z Polakami i Jurko Chmielnicki mógł wprowadzić się do nowej, aczkolwiek stojącej w ruinach, stolicy. W „księstwie” Chmielnickiego na stałe przebywało 1500 Kozaków i 1000 Tatarów. Młody Chmielnicki zapamiętał się kronikarzom, jak despotyczny władca, który wprowadził wysokie podatki i wymordował najbliższych towarzyszy, nawet hetmana Astamatija. Nie zważając na to, Niemirów zaczął nabierać na znaczeniu gospodarczym i politycznym. Dla Jurka wybudowano drewnianą rezydencję (nie przetrwała do dziś) a dla starszyzny – domy nad stawem.
Nowy hetman chciał sprowadzić na spustoszone ziemie Prawobrzeża uciekinierów z Lewobrzeżnej Ukrainy. W tym celu w 1679 roku organizował pochód na Lewobrzeże a od lata 1680 roku na dłużej zatrzymał się w Czyhrynie. W czerwcu 1681 roku został odwołany i zaproszony na rozmowę z sułtanem do Turcji. Po drodze do Stambułu zmarł (według innej wersji został zabity przez Turków).
Na miejsce Jerzego Chmielnickiego przyszedł mołdawski władca Gheorghe Duca. We wrześniu 1681 roku Duca wysłał do Niemirowa swojego hetmana – mołdawskiego hospodara, Greka Iwana Dresznicza (bardziej znanego, jak Jan Drahinicz). Ten miał do swojej dyspozycji cztery pułki kozackie i dużo czasu poświecił na odbudowę podolskich miast. Rezydencję dla Drahinicza wybudował w Niemirowie a własną w Pieczerze.
Polski król nie dawał za wygraną i wysłał na Podole posłańców, którzy mieli przekonać Kozaków Prawobrzeża by ci pomogli mu w walce z Turkami w zamian za przywrócenie swobód i przywilejów. 23 lipca 1683 roku Kozacka Rada zwróciła się do króla z prośbą o dołączenie do Korony. W sierpniu tego samego roku hetmanem prawobrzeżnego Wojska Zaporoskiego został wybrany niemirowski starosta i białocerkiewski pułkownik Stepan Kunicki. Pochodził z bogatej rodziny prawosławnej, służył hetmanowi Doroszence a w 1673 roku zdołał wyprosić dla siebie i swojego najbliższego otoczenia tytuły szlacheckie. Król Jan III Sobieski uniwersałem od 24 sierpnia 1683 roku zgodził się przyjąć propozycje Rady Kozackiej, przekazał Kunickiemu berło i pieczątkę oraz powierzył mu misję organizowania wiernego Rzeczypospolitej kozackiego wojska.
We wrześniu wojska Stepana Kunickiego odbiły Niemirów, wypędzając stamtąd Draginicza. Podczas rządów nowego hetmana na Prawobrzeżu odnowiono kozacki ustrój, ludzie zaczęli powracać na zniszczone przez wojnę ziemie, miasta odradzały się z popiołów. Żona Kunickiego w Bogusławiu przyjmowała uciekinierów z Lewobrzeża i wysyłała ich do Niemirowa. Chciał jej w tym przeszkodzić lewobrzeżny hetman Iwan Samojłowicz. By schwytać Kunicką wysłał oddział wojskowy, ale ona zdążyła uciec do rezydencji męża na Prawobrzeże.
W 1683 roku polski król wyruszył w pochód by zwolnić oblegany przez Turków i Tatarów Wiedeń. Sojusznicza 6-tysięczna armia kozacka na czele z hetmanem Kunickim wyruszyła przez Mołdawię nad Morze Czarne by przeszkodzić Tatarom w dołączeniu do tureckiej kompanii wojskowej w Europie. Kozacy rozgromili nieliczne turecko-tatarskie oddziały, zdobyli Izmaił i Kiliję. Wracając 30 grudnia na Podole, niedaleko rzeki Prut Kozacy zostali otoczeni przez 12-tysięczną Hordę Krymską. Bronili się przez pięć dni. Nie wytrzymawszy nacisku, Kunicki z dwutysięczną kawalerią opuścił pole boju. Kozacka piechota (4 000 osób) na czele z pułkownikiem Andrijem Mohyłą biła się z Tatarami przez cały następny dzień a w nocy zdołała wyjść z otoczenia. W styczniu 1684 roku dostali się do Mohylewa, gdzie zażądali by przybył do nich hetman Kunicki. Niezadowoleni jego ucieczką, która doprowadziła do śmierci wielu Kozaków, oskarżyli go o zdradę i zabili. Hetmanem został Andrij Mohyła, który przed przejściem na Prawobrzeże był zwykłym Kozakiem zaporoskim. Polski król zatwierdził go na stanowisku.
Hetman jego Królewskiej Mości Wojsk Zaporoskich Andrij Mohyła osiadł w Niemirowie, gdzie kierował wojną z Turkami na Podolu. Przegrał bitwę z Turkami pod Kamieńcem w maju 1684 roku ale przez następne lata skutecznie realizował zwycięskie kampanie wojskowe przeciwko Busurmanom. Prowadził rokowania z Watykanem co do udziału Kozaków w antytureckiej koalicji. Historycy wspominają o jego liście do Papieża Innocentego XI, napisanego 8 maja 1684 roku. Jednocześnie Mohyła wzmacniał stolicę hetmanatu – Niemirów.
Latem 1684 roku sułtan Mehmed IV wyznaczył zamiast Ducy, który w tym czasie przebywał w polskim więzieniu, swego nowego „tureckiego” hetmana Prawobrzeża. Został nim Teodor Sułymenko (Sułymka). Głównym jego celem było odbicie Niemirowa. Spróbował tego dokonać w listopadzie 1684 roku na czele 6-tysięcznego wojska. 
Ale Andrij Mohyła zdołał utrzymać miasto i fortecę w swoich rękach a miesiąc później w bitwie pod Cecorą odniósł zwycięstwo z Turkami walcząc po stronie Polaków.
W styczniu 1685 roku Mohyła znów rozbił wojska Sułymki i wyruszył razem z Wojskiem Koronnym na Bukowinę żeby walczyć z Turkami. „Turecki” hetman Sułymenko znów spróbował zawładnąć Niemirowem i Bracławem. Czterotysięczne wojsko Andrija Mohyły tym razem doszczętnie rozbiło oddziały Sułymki a ocalałe 1200 Kozaków przeszły na stronę Mohyły. Tureckiego stawiennika złapano i przekazano „w prezencie” polskiemu królowi.
Nowy „chański” hetman Samczenko razem z 20 tysiącami Tatarów, wyruszył w pochód, żeby również spróbować zdobyć prawobrzeżną kozacką stolicę. Na szczęście dla Mohyły akcja ta skończyła się niepowodzeniem. Po kolejnej nieudanej próbie Samczenko został zabity. Po jego śmierci sułtan wyznaczył na hetmana tureckiej części Prawobrzeża pułkownika Stepana Łozińskiego (Stecyka), który dalej nękał podolskie ziemie w celu odbicia ich u Polski.
W maju 1686 roku kozackie pułki hetmana Mohyły próbowały bezskutecznie oblegać Bar i Międzybóż, w lipcu ruszono z Wojskiem Koronnym na Mołdawię a we wrześniu razem z Polakami walczyli z armią turecko-tatarską pod Kamieńcem Podolskim. Latem następnego roku Andrij Mohyła razem ze swoimi „polskimi Kozakami” znów oblegał Kamieniec, w którym przebywała turecka załoga. 13 czerwca znów wypędził Tatarów spod Niemirowa.
Po tym, jak Mohyła został hetmanem Prawobrzeża, jego żonę Paraskewiję razem z synem wzięto pod wartę za nakazem lewobrzeżnego hetmana Samojłowicza. Wypuszczono ich dopiero pod koniec 1687 roku, po czym niezwłocznie udali się do Niemirowa. Po roku związku Andrij Mohyła umiera i zostaje pochowany w Meżyhirskim klasztorze pod Kijowem. Zapisał się w historii Polski i Ukrainy, jako dobry strateg wojenny, hetman, który odrodził pułki kozackie i bronił Polski od turecko-tatarskiej agresji.
4 maja 1689 roku Jan III Sobieski wyznaczył na hetmana prawobrzeżnego Wojska Zaporoskiego pułkownika Hryhorija Iwanowicza (Hryszka). On nie zoastał wybrany na Kozackiej Radzie. W lipcu 1689 roku kozackie wojsko hetmana Hryszka, składające się z pięciu pułków, razem z Polakami próbowało odbić u Turków strategiczną fortecę Soroki nad Dniestrem. Próba okazała się nieudana, na dodatek kilka tygodni później „chański” hetman Stecyk z dwustoma Kozakami i dziesięcioma tysiącami Tatarów zdobył Niemirów. Polacy zdołali szybko przywrócić miasto Koronie, po czym Hryszko umocnił warowną twierdzę i pozostając tutaj na długo.
W swoich listach Król Polski wspomina o sukcesywnej walce hetmana Hryszka na czele prawobrzeżnych Kozaków z Tatarami w marcu 1690 roku. W następnym roku Polacy razem z Kozakami zdobyli fortecę Soroki. Niestety latem 1692 roku fastowski pułkownik Semen Palij namówił Kozaków Hryszka, by ci przeszli na jego stronę i później dołączyli do wojsk moskiewskich. W sierpniu 1692 roku Hryszko umiera, możliwie w walce z Kozakami Palija.
Na początku 1693 roku Jan III Sobieski mianuje winnickiego pułkownika Samujiła Iwanowicza (Samusia) na nowego hetmana Prawobrzeża i proponuje mu wybrać na rezydencję albo Niemirów albo Winnicę. Samuś wybiera Winnicę…
Leonid Petrow
GK
